Laboratoire de Génétique de Maladies Rares

Présentation générale

  • Nom de l'unité de recherche : Laboratoire de Génétique de Maladies Rares
  • Tutelle : UM1, INSERM, CHU
  • Type et numéro : UMR_S 827
  • Titre, prénom et nom du directeur : Pr. Mireille CLAUSTRES
  • Organigramme : Télécharger (143,13 kB)
  • Domaine de recherche :
    • Biologie, santé, chimie, sciences de la Terre
  • Personnel statutaire et non statutaire : 25 personnes investies dans la recherche et la recherche clinique, dont 6 HDR.
  • Description des équipes de recherche :

    L'unité est une mono-équipe INSERM composée de 3 équipes de recherche (groupes INSERM) et de 3 groupes de recherche clinique. A la base laboratoire Hospitalo-Universitaire et équipe CNRS pendant 15 ans, notre laboratoire a été labellisé INSERM en 2007 sous l'intitulé "unité 827, Laboratoire de génétique de maladies rares. Pathologie moléculaire, études fonctionnelles et banques de données génétiques".

Recherche

  • Thématiques:

    Génétique, CFTR, DMD, épissage, régulation, épigénétique, transcription

  • Descriptif général:

    Notre équipe a pour objectif la caractérisation moléculaire de maladies héréditaires, au travers d'une approche intégrative incluant l'étude des causes et conséquences des mutations en relation avec les corrélations entre le génotype et le phénotype. Notre intérêt scientifique couvre les divers champs de la génétique des maladies mendéliennes : altérations de l'ADN en cause dans le phénotype ou dans la modulation de son expression, impact sur la régulation de l'ARN (notamment transcription et épissage), impact sur la fonction protéique, aspects épigénétiques et épidémiologiques (banques de données génétiques et phénotypiques). Notre matériel d'étude biologique est issu essentiellement des sujets malades et de leurs apparentés. Nous veillons à définir nos orientations de recherche en dialogue avec les équipes de diagnostic, afin de conserver un lien permanent avec la pathologie et les applications médicales potentielles.

    Les équipes de recherche se répartissent en 3 thématiques principales :

    •  la régulation transcriptionnelle de l'expression du gène CFTR (plus)
    •  l'étude des séquences régulatrices de l'epissage (plus)
    •  la régulation épigénétique et expression des gènes (plus)

    De plus, 3 thématiques de recherche clinique sont développées :

    •  épidémiologie moléculaire du syndrome de Usher (plus)
    •  pathologie moléculaire de la mucoviscidose et banque de données CFTR (plus)
    •  diagnostic génétique préimplantatoire et sperm-typing (plus)
  • Expertises, compétences et savoir faire:

    Pathologie moléculaire, études fonctionnelles de mutants in vitro et in vivo, analyse des modifications épigénétiques, bioinformatique génétique (banques de données gène-spécifiques, analyse de variants)

Rayonnement

  • Nb de publications / an: 10 à 15
  • Nb de thèses / an: 2
  • Dernières publications majeures:
    • Ishmukhametova A, Chen JM, Bernard R, de Massy B, Baudat F, Boyer A, Méchin D, Thorel D, Chabrol B, Vincent MC, Van Kien PK, Claustres M, Tuffery-Giraud S. Dissecting the Structure and Mechanism of a Complex Duplication-Triplication Rearrangement in the DMD Gene. Hum Mutat. 2013 May 6. doi: 10.1002/humu.22353. (Pubmed)
    • Viart V, Varilh J, Lopez E, René C, Claustres M, Taulan-Cadars M. Phosphorylated C/EBPβ influences a complex network involving YY1 and USF2 in lung epithelial cells. PLoS One. 2013;8(4):e60211. doi: 10.1371/journal.pone.0060211. Epub 2013 Apr 1. (Pubmed)
    • Raynal C, Baux D, Theze C, Bareil C, Taulan M, Roux AF, Claustres M, Tuffery-Giraud S, des Georges M. A Classification Model Relative to Splicing for Variants of Unknown Clinical Significance: Application to the CFTR Gene. Hum Mutat. 2013 Feb 5. (Pubmed) 
    • Ishmukhametova A, Khau Van Kien P, Méchin D, Thorel D, Vincent MC, Rivier F, Coubes C, Humbertclaude V, Claustres M, Tuffery-Giraud S. Comprehensive oligonucleotide array-comparative genomic hybridization analysis: new insights into the molecular pathology of the DMD gene. Eur J Hum Genet. 2012 Oct;20(10):1096-100. (Pubmed)
    • Giansily-Blaizot M, Lopez E, Viart V, Chafa O, Tapon-Bretaudière J, Claustres M, Taulan M. Lethal factor VII deficiency due to novel mutations in the F7 promoter: functional analysis reveals disruption of HNF4 binding site. Thromb Haemost. 2012 Aug;108(2):277-83. (Pubmed)

    Publications inter-équipes :

    • Humbertclaude V, Hamroun D, Bezzou K, Bérard C, Boespflug-Tanguy O, Bommelaer C, Campana-Salort E, Cances C, Chabrol B, Commare MC, Cuisset JM, de Lattre C, Desnuelle C, Echenne B, Halbert C, Jonquet O, Labarre-Vila A, N'guyen-Morel MA, Pages M, Pepin JL, Petitjean T, Pouget J, Ollagnon-Roman E, Richelme C, Rivier F, Sacconi S, Tiffreau V, Vuillerot C, Picot MC, Claustres M, Béroud C, Tuffery-Giraud S. Motor and respiratory heterogeneity in Duchenne patients: Implication for clinical trials. Eur J Paediatr Neurol. 2012 Mar;16(2):149-60. (Pubmed)
    • Auerbach AD, Burn J, Cassiman JJ, Claustres M, Cotton RG, Cutting G, den Dunnen JT, El-Ruby M, Vargas AF, Greenblatt MS, Macrae F, Matsubara Y, Rimoin DL, Vihinen M, Van Broeckhoven C. Mutation (variation) databases and registries: a rationale for coordination of efforts. Nat Rev Genet. 2011 Oct 25;12(12):881. (Pubmed) 
    • Costa C, Pruliere-Escabasse V, de Becdelievre A, Gameiro C, Golmard L, Guittard C, Bassinet L, Bienvenu T, Georges MD, Epaud R, Bieth E, Giurgea I, Aissat A, Hinzpeter A, Costes B, Fanen P, Goossens M, Claustres M, Coste A, Girodon E. A recurrent deep-intronic splicing CF mutation emphasizes the importance of mRNA studies in clinical practice. J Cyst Fibros. 2011 Jul 21. (Pubmed) 
    • Bombieri C, Claustres M, De Boeck K, Derichs N, Dodge J, Girodon E, Sermet I, Schwarz M, Tzetis M, Wilschanski M, Bareil C, Bilton D, Castellani C, Cuppens H, Cutting GR, Drevínek P, Farrell P, Elborn JS, Jarvi K, Kerem B, Kerem E, Knowles M, Macek M Jr, Munck A, Radojkovic D, Seia M, Sheppard DN, Southern KW, Stuhrmann M, Tullis E, Zielenski J, Pignatti PF, Ferec C. Recommendations for the classification of diseases as CFTR-related disorders. J Cyst Fibros. 2011 Jun;10 Suppl 2:S86-102. (Pubmed) 
    • Steiner B, Rosendahl J, Witt H, Teich N, Keim V, Schulz HU, Pfützer R, Löhr M, Gress TM, Nickel R, Landt O, Koudova M, Macek M Jr, Farre A, Casals T, Desax MC, Gallati S, Gomez-Lira M, Audrezet MP, Férec C, Georges MD, Claustres M, Truninger K. Common CFTR haplotypes and susceptibility to chronic pancreatitis and congenital bilateral absence of the vas deferens. Hum Mutat. 2011 Apr 21. doi: 10.1002/humu.21511. (Pubmed)
  • Projets et appels d'offres en cours:

    Nos équipes travaillent avec de nombreuses associations de patients, notamment l'AFM ( Association Française contre les Myopathies), VLM ( Vaincre La Mucoviscidose), FRM ( Fondation pour la Recherche Médicale), SOS Rétinite ou l'UNADEV (Union Nationale des Aveugles et Déficients Visuels).

  • Colloques, évènements organisés:

    14° Human genome Meeting, (HUGO), Montpellier, Le Corum, Mai 2010

    EMQN Assessment meeting, Montpellier, Février 2008

    2° Rencontres Inter-IFR de Montpellier "Avancées conceptuelles, avancées thérapeutiques", Montpellier, Le Corum, B-Novembre 2008

    3° Assises de génétique humaine et médicale (1000 participants), Montpellier, Le Corum, janvier 2006.

    1° Colloque européen UMD-LSDB, Montpellier 2005

    HUGO Mutation Detection Course, Montpellier 2002

  • Labellisations particulières:

    Laboratoire de référence au niveau national :

    •  diagnostic moléculaire de la mucoviscidose, circulaire DHOS-OPRC/2001 n°505
    •  diagnostic moléculaire des maladies neurologiques, musculaires, neuro-sensorielles et retards mentaux, circulaire DHOS-OPRC/2003 n°227
    •  soutien aux laboratoires pour le diagnostic génétique des maladies rares, circulaire DHOS-OPRC/2006 n°155

    Nous sommes l'un des trois laboratoires français de diagnostic pré-implantatoire moléculaire

    Laboratoire de référence au plan international : projets Européens Eurogentest1 et Eurogentest2-FP7-N°261469

Moyens

  • Plateformes technologiques, matériel...:

    Plateforme analyse de gènes :

    •  aCGH (scanner de biopuces Innoscan 900)
    •  séquenceurs (2 Applied Biosystems 3130XL)
    •  séquenceurs GS Junior Roche (technologie 454)
    •  PCR quantitative (Roche LC480, Idaho Lightscanner)
    •  pyroséquenceur (Quiagen PyroMark Q24)

Rattachement

International

  • Programmes européens et internationaux: Treat NMD european network, n°036825
    Bio NMD (2009-2011), n°20092441
    Eurogentest2-FP7- n°261469
  • Expertises demandées: EuroCare ; Eurogentest ; Présidence de conseil scientifique pour l'AFM ; VLM ; UK Research Trust ; BMBF ; National Genome research Network (NGFN) ; PHRC nationaux et régionaux ; International Variome project ; Inserm; CNRS ; ANR ; AERES ; Universités, etc…
    Expertises éditoriales : communicating Editor pour la revue Human Mutation.
    Très nombreuses expertises d'articles et de projets scientifiques.
 

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Laboratoire de Génétique de Maladies Rares

IURC / UFR Médecine / Site Nord
640 av du doyen Gaston Giraud
34095 Montpellier Cedex 5

Tel: 04 11 75 98 79

Fax: 04 11 75 98 82

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