L’unité au début composée uniquement des personnels affectés à l’UFR de Médecine et/ou au CHU de NIMES (1 PU-PH, 1 PU, 1 MCU-PH, 1 MCF) a été complétée après 2005 par le rattachement des groupes des biostatisticiens de l’UFR de Pharmacie (1 PU, 1 MCF) des biostatisticiens de l’UFR d’Odontologie (1 MCF) et d’un directeur de recherche de 1° classe au CNRS ainsi que d’un professeur, de psychologie à l’Université de Montpellier III, ces derniers travaillant dans le domaine médical. Il y a eu aussi le rattachement d’un PU-PH de Pneumologie spécialisé en Cancérologie pulmonaire et le recrutement d’un MCF, d’un MCU-PH en Biologie Moléculaire et du PU-PH en allergologie.
Donc cette unité, qui s’est encore agrandie à partir du 1° septembre 2009 a pu fédérer l’ensemble des ressources en biostatistique et épidémiologie de l’UFR de Médecine, de Pharmacie, d’Odontologie de Montpellier et Nîmes, hors des structures INSERM.
Nous rappelons que la précédente unité avait deux axes de recherche définis par deux thèmes :
Thème A : Analyse des données de grandes dimensions avec comme domaine d’application la protéomique - génomique ; l’imagerie 3 D, la chimiométrie.
Thème B : Processus : analyses aléatoires temporelles et temporo-spatiales, prédiction, analyses médico économiques.
Pour le thème A, il avait été annoncé qu’il fallait améliorer l’analyse des données multi tableaux, notamment grâce au développement de nouveaux algorithmes, l’analyse fonctionnelle non linéaire, les méthodes de classification supervisées ou non grâce à la réduction des dimensions et aux plongements (C. DEMATTEI).
Pour le thème B, il avait été évoqué le développement des méthodes multi états (semi markoviens) avec censure par intervalle et censure informative ; les modélisations médico économiques avec ajustement sur la qualité de vie et censure informative, les modèles de fragilité, le lien avec la survie et les facteurs prédictifs.
Les avancées annoncées ont été concrétisées par la soutenance de nombreuses thèses de doctorant sur ces sujets : (thèses : C. CASTELLI, Y. FOUCHER, E. MATHIEU, P. SAINT- PIERRE, V. ROUSSEAU) associées aux publications afférentes pour lesquelles les auteurs sont en premier ou plus loin situés quand il s’agit de création en biostatistique ou d’application à des domaines cliniques.
A noter que durant cette période, des étudiants en thèses ont été recrutés par le CHU de NIMES auquel est rattaché l’Unité ce qui a permis de compléter l’activité de l’unité par celle de la recherche clinique du CHU de NIMES et Inter régionale (DIRC - PACA - Languedoc-Roussillon et G4 de l’interrégion).

Cette équipe réalise de nombreuses expertises dans les domaines de l’épidémiologie et des biostatistiques ainsi que dans la méthodologie des études en recherche clinique.
Les expertises sont régulièrement demandées par l’INCA, l’HAS, les PHRC…
Les méthodologistes des Centres de Protection des Personnes Sud Méditerranée IV (Montpellier) et Sud Méditerranée III (Nîmes) au nombre de 4 sont membres de cette équipe.
Cette équipe a été reconnue comme référente pour l’inter région en médico-économie et gestion des cohortes.
De plus, elle accueille sur sa plate-forme des cohortes nationales et internationales en plus des études plus locales ou régionales.
Cette équipe est reconnue comme experte dans les domaines suivants :

• Registre des tumeurs de l’Hérault (Directrice : Dr B. TRETARRE - Responsable Scientifique J.P. DAURES).
• Dépistages 34 (Directrice : Dr J. CHERIF-CHEIKH - Président J.P. DAURES).
• ORS (Directeur : B. LEDESERT - Président J.P. DAURES).
• Responsable scientifique de nombreux réseaux (Réseau la Polyarthrite, réseau d’Oncologie ONCOLR, réseau Rein (dialyse), réseau Hépatite C, Réseau diabète de l’enfant...).

Le responsable de l’équipe est Président de la sous section : Epidémiologie, Prévention, Economie de la Santé (4601) de la section Santé Publique du CNU, membre de la Commission HAS et de Commission INCA.

Principales publications cliniques :

1. Managing asthma during pregnancy. DA Demoly P, Daures JP Lancet 365 1212-3 2005 A
2. The public health implications of asthma. DA Bousquet J, Bousquet PJ, Godard P, Daures JP Bull World Health Organ 83 548-54 2005 A
3. Diagnosing hypersensitivity reactions to cephalosporins in children. DA Romano A, Gaeta F, Valluzzi RL, Alonzi C, Viola M, Bousquet PJ Pediatrics 122 521-7 2008 A
4. tests in diagnosing drug hypersensitivity. Bousquet PJ, Gaeta F, Bousquet-Rouanet L, Lefrant JY, Demoly P, Romano A Provocation Curr Pharm Des 14 2792-802 2008 A
5. Change in visual analog scale score in a pragmatic randomized cluster trial of allergic rhinitis Bousquet PJ, Combescure C, Klossek JM, Daurès JP, Bousquet J. J Allergy Clin Immunol Apr 13. 2009 A
6. A stomatitis due to artificial cinnamon-flavored chewing gum. Bousquet PJ, Guillot B, Guilhou JJ, Raison-Peyron N Arch Dermatol 141 1466-7 2005 A
7. Protein biochip array technology to monitor rituximab in rheumatoid arthritis. Fabre S, Guisset C, Tatem L, Dossat N, Dupuy AM, Cohen JD, Cristol JP, Daures JP, Jorgensen C. Clin Exp Immunol. 2009 Mar;155(3):395-402.
8. Serum proteomic profiling of lung cancer in high-risk groups and determination of clinical outcomes.Jacot W, Lhermitte L, Dossat N, Pujol JL, Molinari N, Daurès JP, Maudelonde T, Mangé A, Solassol J.J Thorac Oncol. 2008 Aug;3(8):840-50.
9. Indoor airborne endotoxin assessment in homes of Paris newborn babies. Dassonville C, Demattei C, Vacquier B, Bex-Capelle V, Seta N, Momas I Indoor Air 18 480-7 2008 A
10. Methodological Considerations in Cost of Prostate Cancer Studies: A Systematic Review. Molinier L, Bauvin E, Combescure C, Castelli C, Rebillard X, Soulié M, Daurès JP, Grosclaude P Value Health 2008 A

Principales publications biostatistiques :

1. Le Cam theorem on interval division by randomly chosen points: pedagogical explanations and application to temporal cluster detection. Dematteï C. Journal of Applied Statistics, accepted,december2008.
2. Cost-effectiveness analysis in colorectal cancer using a semi-Markov model.Castelli C, Combescure C, Foucher Y, Daures JP.Stat Med. 2007 Dec 30;26(30):5557-71.
3. A flexible semi-Markov model for interval-censored data and goodness-of-fit testing. Foucher Y, Giral M, Soulillou JP, Daures JP. Stat Methods Med Res. 2008 Sep 2. [Epub ahead of print]
4. A semi-Markov model for multistate and interval-censored data with multiple terminal events. Application in renal transplantation. Foucher Y, Giral M, Soulillou JP, Daures JP. Stat Med. 2007 Dec 30;26(30):5381-93.
5. A semi-Markov model based on generalized Weibull distribution with an illustration for HIV disease. Foucher Y, Mathieu E, Saint-Pierre P, Durand JF, Daurès JP. Biom J. 2005 Dec;47(6):825-33.
6. A new linear method for analyzing four way multiblocks tables: STATIS 4. Sabatier R, VivienM.(2008)JournalofChemometrics,22,399-406.
7. Extensions of simple component analysis and simple linear discriminant analysis using genetic algorithms. Sabatier R, Reynes C. (2008). Computational Statistics and Data Analysis, 52, 4779-4789.
8. Cost of lung cancer: a methodological review. Molinier L, Combescure C, Chouaïd C, Daurès JP, Housset B, Fabre D, Grand A, Vergnenègre A.Pharmacoeconomics. 2006;24(7):651-9. Review.

Concernant le PHRC, STIC, projet InCA et HAS se référer à l’activité de la DRCI du CHU de Nîmes.

A ceci se rajoute des contrats avec les partenaires publics et privés suivants : Institut Français des greffes, InVS, Ministère de la Santé, ARH, CHU Montpellier, MSD/SFR, Wyet/MSD/INSERM/SFR, SFP/INSERM, THERAMEX, GLAXO, ROCHE, Sheering plough/ministère, GUERBET, GROUPAMA, CHU de Nîmes.

• 31st Annual Conference of the International Society for Clinical Biostatistics (ISCB) - 29 août 2010 au 02 septembre 2010 - MONTPELLIER - France.
• MAMMOSMED Montpellier, Journée internationale, sur le sein - MONTPELLIER 2008.

Ce matériel est maintenu par l’équipe informatique du BESPIM au CHU de NIMES et de l’EA 2415 équipe de recherche habilitée en épidémiologie et biostatistique à l’IURC à Montpellier.
Il comprend notamment des spécialistes en gestion des grands tableaux, gestion des cohortes, analyses d’images, analyses des processus, analyses médico économiques thérapeutiques et diagnostiques.

Cette équipe est constituée de deux médical writer, et de plusieurs ARC (20 en moyenne) de terrain, gestionnaire de la qualité des données et de la structuration des questionnaires de recueil d’information, de deux ingénieurs biostatisticiens, et d’un MCU-PH et de 3 professeurs ou équivalents. Elle est à la disposition des médecins et personnel soignant du réseau pour assurer ses fonctions.

La plateforme informatique est constituée par un matériel en miroir de puissance importante permettent d’accueillir les cohortes ainsi que toutes les études (PHRC, SFIC, Inca, HAS, …).

Des logiciels spécifiques de survie et de validation des données ainsi que de traitement des images ont été installés, sont validés au niveau international et les fichiers développés avec ces outils sont accessibles par le Weeb Sécurisé.

Le fonctionnement de l’ensemble

a) Au niveau technique

Après validation par les membres du réseau du contenu du dossier à renseigner, ce dernier sera analysé techniquement par l’ARC senior gestionnaire des données, afin de la structurer techniquement (définition des champs, codage, liens, ...) et ensuite sera discuté avec l’équipe informatique afin de prévoir son écriture sur un logiciel sécurisé. L’équipe informatique aura alors pour fonction de prévoir un planning de développement, puis une phase de test et enfin une date de mise en production (accès et utilisation par toutes les personnes autorisées par le réseau, ceci avec un niveau de d’autorisation).
L’équipe informatique est composée d’un ingénieur réseau bases de données, d’une bioinformaticienne et d’un analyste programmeur.

b) Au niveau du réseau

• Les personnes autorisées le seront avec un niveau d’autorisation défini par les membres du réseau.
• Avec cette autorisation ils pourront en passant par une ligne sécurisée à haute vitesse se connecter à l’application et/ou aux modules pour lesquels ils auront les autorisations.
• Toutes les modifications effectuées seront tracées informatiquement, et la base initiale sera conservée.
• Des procédures automatiques de cohérence et de validité des données seront mises en place mais il faudra régulièrement selon une fréquence définie par les membres du réseau valider grâce à des macros une qualité plus fine que celle qui peut être automatisé.
• L’état des lieux de la base sera présenté régulièrement aux membres du réseau et les dates de gel de base seront définies.

c) Droits de propriété

• Les membres du réseau (noté bureau du réseau) sont les seuls propriétaires des données et prendront toutes les décisions citées ci-dessus concernant le réseau.
• Ils définissent les dates et la fréquence de validation des données et le mode de fonctionnement des corrections à apporter par l’ARC senior et des modifications du logiciel ainsi que de son évolutivité.
• Pour tout travail de recherche, le « bureau du réseau » définira :
  • La validité du travail (analyse du protocole etc…..)
  • Les données utiles à ce travail et le format de sortie.
  • L’équipe de statisticiens qui traitera les données et rédigera le rapport et/ou la partie statistique de la publication.
  • La place des méthodologistes et/ou statisticien sur le travail de recherche.

d) Coûts des prestations

• Un coût de base sera défini avec le bureau du réseau (il comprend les activités de développement, d’hébergement, de maintenance et d’assurance de la qualité des données par un ARC gestionnaire en contact permanent avec les membres du réseau).
• Un coût spécifique par analyse statistique qui sera confiée à l’équipe EA 2415.

• Un partenariat avec l’équipe des Prs DURU - LAMURE – AURAY, des Drs SIANI et DE PERETTI à LYON sur la médico- économie : problèmes statistiques posés par la mesure de l’efficience des indicateurs utilisés actuellement.
• Avec le Pr G. DELANDE, en médico-économie.
• Un partenariat inter régional avec MARSEILLE, NICE, TOULOUSE, (équipe du DIM) NANTES (équipe deBiostatistiques),Paris(Pr.LANDAIS,Pr. I. MOMAS) ; Lyon (Pr. ROY, protéomique).
• Un partenariat avec l’équipe d’épidémiologie et de biostatistique de l’Hôpital cantonal de Genève (Dr. C. COMBESCURE), avec l’équipe du Professeur N. Victor (Heidelberg) et du Pr CIAMPI et Pr MARCHAND (Canada).